Con el auspicio de la Secretaría de Comercio y Fomento Industrial e IBM (International Business Machines) de México, el Cinvestav Guadalajara inició operaciones el 14 de noviembre de 1988 con el establecimiento del Centro de Tecnología de Semiconductores (CTS).Más tarde, en septiembre de 1995 se iniciaron las actividades académicas con la creación del Departamento de Ingeniería Eléctrica y Ciencias de la Computación (DIECC). Tanto en el programa de maestría como en el de doctorado, se cultivan cinco grandes áreas de investigación: Ciencias de la Computación, Control Automático, Diseño Electrónico, Sistemas Eléctricos de Potencia y Telecomunicaciones.
Con 35 años de trabajo continuo, el Cinvestav ha construido en Guadalajara uno de los grupos de Ingeniería Eléctrica y Electrónica más productivos y dinámicos del país con reconocimiento internacional. Este suceso es resultado del compromiso concertado del Centro con los Gobiernos Federal, Estatal y Municipal, el sector académico y la industria nacional e internacional.
El Cinvestav Guadalajara es un eje de apoyo en la creación del sector de tecnologías de la información y microelectrónica en la región occidente, por ello, en 2006 fue reconocido por el Gobierno del Estado de Jalisco como una de las ocho entidades participantes que contribuyó a elevar el PIB del sector al 1.4 por ciento.